En solo seis hectáreas comunes, el ejido de Bacalar otorgó permiso al Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur) para realizar estudios técnicos del Tren Maya; posteriormente, la dependencia solicitó ampliar a mil hectáreas esta solicitud, sin embargo, fue rechazada por la asamblea ejidal.
Luis Chimal Balam, comisario ejidal de Bacalar, explicó en una entrevista para un medio nacional que en las negociaciones con el gobierno federal, en particular con Rogelio Jiménez Pons, titular del Fonatur, el ejido ha presentado una contrapropuesta donde le pide a la dependencia apoyarlo para gestionar el cambio de uso de suelo sobre una superficie de 2 mil hectáreas en torno a la estación del tren, donde los comuneros pretenden desarrollar a su conveniencia, a cambio, el ejido otorgaría las tierras necesarias para la construcción de la estación y el derecho de vía por donde correrá el Tren Maya.
Sin embargo Fonatur se ha negado y mantiene su postura de que permitan la realización de estudios más allá de las 6 hectáreas que inicialmente se acordaron, pues el proyecto del gobierno federal implica un desarrollo urbano e inmobiliario mucho mayor en torno a la estación ferroviaria en Bacalar.