El presupuesto original destinado a la construcción del tren interurbano México-Toluca era de 44,000 millones de pesos (mdp); después, en el presupuesto de egresos de la federación 2017 se actualizó el monto a 48,000 mdp; y ahora ya está en 52,000 mdp a consecuencia del costo de derechos de vía y de las obras de mitigación; esto, de acuerdo con el director de Proyectos Ferroviarios de Carga de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT), Eloy Gloria Nava. Durante la Exporail XVI que realiza la Asociación Mexicana de Ferrocarriles (AMF), también comentó que el sistema de transporte podría iniciar operaciones por tramos, siendo el primero el de Zinacantepec a Pino Suárez, en el Estado de México, ante el avance que se tiene en ciertas zonas.
Gloria Nava dijo que el avance general de la obra es de 70%, aunque el tramo 1 de Zinacantepec a Pino Suárez presenta un 74%; y el tramo II, el bitúnel, lleva un avance de 24 por ciento. Se espera que la construcción del primero concluirá en octubre próximo y el del segundo en noviembre.
Por otra parte, el tramo de Santa Fe a Observatorio, 17 kilómetros, lleva un avance de 20 por ciento.
Por otra parte, ante la falta de recursos para la ampliación de la Línea 9 del Metro, de Tacubaya a Observatorio, necesario para la conexión con el Tren México-Toluca, se analizan diversos esquemas como redirigir recursos de éste último o una Asociación Público Privado.
