El e-commerce en México presenta oportunidades para crear, escalar o expandir negocios. Sin embargo, presenta retos que van de las barreras informativas hasta el diseño de tiendas online. Por lo tanto, tecnologías de marketing, machine learning o automatización podrían hacer más eficientes a los negocios. Por lo tanto, se mencionan dos de los mayores retos de este canal en el país:

1. Fraude electrónico. El comercio en línea y los proveedores de servicios bancarios necesitan fortalecer la ciberseguridad para proteger a los usuarios. Sobre todo, porque México tiene la tasa más elevada de fraude cibernético en Latinoamérica; según la Asociación Mexicana de Ventas Online, el 2.2% de las compras digitales resultan en contracargos. 

2. Bancarización y límites de uso. Como resultado del fraude bancario, algunas instituciones colocan candados a las tarjetas para limitar su uso, parcial o definitivo, en el entorno digital. Es así que no se concretan millones de oportunidades cada año; pues la Condusef señala que solo 58.4% de las solicitudes de compra terminan con la autorización de la compra.

Minimalist.mx indica que un estudio realizado por Hubspot destaca la importancia de que las páginas carguen rápidamente. Así, 47% de los consumidores espera que su página web cargue en menos de cuatro segundos; mientras que cada segundo de retraso reduce hasta 7% la posibilidad de compra.

Cabe destacar que Rigel Barros, director de la agencia digital, señala que las cifras del INEGI -que indican que el e-commerce en México representa 5% del Producto Interno Bruto (PIB) nacional- son engañosas: "Si quitamos las compras de transporte, turismo y transacciones bancarias, las ventas online no llegan al 3% del PIB. De hecho, desde 2013, el e-commerce, como proporción del PIB, ha aumentado solo 0.5% por año".